Чтобы использовать phpMyAdmin в виртуальной среде Bitrix необходимо установить пакет phpmyadmin:

CentOS:

yum install phpmyadmin

Для работы необходимо установить пароль на MySQL.

Первое что надо сделать: файл конфигурации phpMyAdmin.conf нужно положить в /etc/httpd/bx/conf/, а не в /etc/httpd/conf.d/ Дело в том, что в веб окружение битрикс, в дефолтном конфиге апача закомментирована строчка, подключения конфигов из /etc/httpd/conf.d/

После, изменяем настройки phpMyAdmin:

nano /etc/phpMyAdmin/config.inc.php

Что нужно изменить:

/* Authentication type */
$cfg['Servers'][$i]['auth_type'] = 'cookie';
/* Server parameters */
$cfg['Servers'][$i]['host'] = 'localhost';
$cfg['Servers'][$i]['connect_type'] = 'socket';
$cfg['Servers'][$i]['compress'] = false;
$cfg['Servers'][$i]['AllowRoot'] = true;
$cfg['Servers'][$i]['AllowNoPassword'] = true;
$cfg['Servers'][$i]['extension'] = 'mysqli';

Далее создаем символическую ссылку в каталоге хоста, через которого будет предоставлен доступ к phpMyAdmin.

ln -s /usr/share/phpMyAdmin /home/bitrix/www/phpmyadmin

После всего этого ребутаем Apache

service httpd restart

Теперь можно перейти в phpMyAdmin:

http://server_ip/phpmyadmin/

Важно! на /etc/phpMyAdmin/ и /etc/phpMyAdmin/config.inc.php установить права для чтения/изменения для веб-сервера.